Frage:
Kostenlose API zum Anzeigen der 2D-Darstellung von Molekülen
Anderlecht
2018-04-07 09:32:30 UTC
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Ich suche nach einer kostenlosen API, die ein LÄCHELN akzeptiert und die 2D-Struktur eines Moleküls erzeugt. Ich möchte dies in eine Webseite aufnehmen.

Ich habe eine Sammlung von LÄCHELN und möchte, dass die 2D-Struktur als Teil einer Datenbank verfügbar ist. Ich habe versucht, Bilder mit RDKit zu generieren, kann diese Bilder jedoch keinem Datenrahmen oder einer tabellarischen Datenstruktur hinzufügen. Vorschläge zur Anzeige der 2D-Darstellung und zu auf der Webseite abgefragten SMILE sind willkommen.

Sechs antworten:
DSVA
2018-04-07 14:46:13 UTC
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Open Babel kann alle Arten von Eingaben in Bilder mit 2D-Strukturen konvertieren.

Obwohl ich die Erwähnung von Open Babel sehr schätze, gibt es keine Web-API, was die ursprüngliche Anfrage war. Wenn Leute "obabel" verwenden, würde ich die Verwendung der Option [SVG-Export] (http://openbabel.org/docs/dev/FileFormats/SVG_depiction.html) dringend empfehlen.
Pritt says Reinstate Monica
2018-04-07 10:04:35 UTC
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PubChem bietet eine Möglichkeit, die 2D-Struktur eines Moleküls zu ermitteln, wenn Sie SMILES eingeben.

Warum sollten Sie sich jedoch mit 2D zufrieden geben, wenn Sie genauso 3D-Strukturen erhalten können? leicht?

Als zusätzliche Ergänzung können Sie auch https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=[INSERT-SMILES-HERE‹ überprüfen. Code>. Dieses Werkzeug erzeugt die 3D-Struktur jedes Moleküls, von dem Sie das LÄCHELN erhalten können. Schreiben Sie einfach das LÄCHELN nach dem Gleichen und voila ! Sie haben sich einen netten interaktiven Molekül-Viewer besorgt, den Sie drehen können, um zu sehen, wie er aussieht.


Haftungsausschluss: Ich bin mit keiner der oben genannten Websites verbunden.

Geoff Hutchison
2018-07-30 20:01:40 UTC
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Wenn Sie wie oben erwähnt einen kostenlosen Webdienst wünschen, können Sie PubChem verwenden, um eine SMILES-Zeichenfolge in eine 2D-Darstellung zu konvertieren. Dies ist jedoch nur auf die Einträge in PubChem "beschränkt" ...

Eine bessere Option, IMHO, ist der sehr einfach zu verwendende NIH Chemical Resolver

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/ " Strukturkennung " / " Darstellung "

Sie können beispielsweise Folgendes verwenden:

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/aspirin/image:

enter image description here

Wie oben angegeben, kann der "Bezeichner" Namen, maskierte SMILES-Zeichenfolgen usw. sein.

Hinweis: Dreifachbindungen in SMILES-Zeichenfolgen, die durch '#' dargestellt werden, müssen als '% 23' URL-maskiert werden (z. B. muss die SMILES-Zeichenfolge von Ethin als 'C% 23C' anstelle von 'C # C' angegeben werden, wenn sie als Teil einer URL

Und ja, Sie können auch die 3D-Strukturen erhalten. https://cactus.nci.nih.gov/blog/?p=249
Mark
2018-04-08 03:21:05 UTC
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Es ist keine API, aber JSME (Javascript Molecule Editor) kann verwendet werden, um MOL, SDF oder SMILES in eine 2D-Struktur zu konvertieren.

BalooRM
2020-05-02 04:53:22 UTC
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Eine weitere Option für ein wenig Programmierung ist das Indigo Toolkit mit Python-, Java-, .NET- und C-Bibliotheken.

Das folgende Python-Beispiel verwendet das isomere SMILES für Albuterol, das ich von PubChem erhalten habe, und rendert 2D-Strukturen für drei Formen (eine mit nicht spezifizierter Stereochemie und die beiden Stereoisomere). Die einzelnen Strukturen sind mit ihren jeweiligen PubChem-CIDs gekennzeichnet.

Albuterol

  aus Indigo-Import * aus Indigo.Renderer-Import * Indigo = Indigo () Renderer = IndigoRenderer (Indigo) mols = {'2083': 'CC (C) (C) NCC (C1 = CC (= C (C = C1) O) CO) O', '123600': 'CC (C) (C) NC [C @@ H] (C 1 = CC (= C (C = C 1) O) CO) O ',' 182176 ':' CC (C) (C) NC [C @ H] (C 1 = CC (= C (C = C 1) ) O) CO) O '} array = indigo.createArray () für die Eingabe von mols.keys (): print (Schlüssel, mols [Schlüssel]) mol = indigo.loadMolecule (mols [Schlüssel]) s = "CID =" + key mol.setProperty ("grid-comment", s) array.arrayAdd (mol) indigo.setOption ("render-comment", "Albuterol") indigo.setOption ("render-comment-position", "top") indigo.setOption ("Render-Grid-Ränder", "40, 10") indigo.setOption ("Render-Grid-Titel-Offset", "5") indigo.setOption ("Render-Grid-Titel-Eigenschaft", "grid-comment") indigo.setOption ("Render-Hintergrundfarbe", 1.0, 1.0, 1.0) indigo.setOption ("Render-Atom-Farbeigenschaft", "Farbe") indigo.setOption ("Render-Färbung") ", True) indigo.setOption (" Renderbildgröße ", 1200, 300) renderer.renderGridToFile (Array, Keine, 3, "grid.png")  
Raven
2018-07-30 21:15:27 UTC
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Wenn Sie bereit sind, ein wenig Programmieraufwand in diese Sache zu investieren, können Sie sich das Chemistry Development Kit (CDK) ansehen, mit dem ein SMILES-String problemlos in ein 2D-Rendering des konvertiert werden kann Molekül.

Ein Beispiel (aus hier), das die Darstellung als PNG-Bild erzeugt, sieht folgendermaßen aus:

  import org.openscience.cdk .CDKConstants; import org.openscience.cdk.interfaces. *; Import org.openscience.cdk.silent.SilentChemObjectBuilder; import org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser; import java.awt.Color; public class Main {public static void main (String [] args) löst eine Ausnahme aus {IChemObjectBuilder bldr = SilentChemObjectBuilder.getInstance (); SmilesParser smipar = neuer SmilesParser (bldr); IAtomContainer mol = smipar.parseSmiles ("CN1C = NC2 = C1C (= O) N (C (= O) N2C) C"); mol.setProperty (CDKConstants.TITLE, "Koffein"); DepictionGenerator dptgen = neuer DepictionGenerator (); // Größe in px (Raster) oder mm (Vektor) // Anmerkungen sind standardmäßig rot dptgen.withSize (200, 250) .withMolTitle () .withTitleColor (Color.DARK_GRAY); dptgen.depict (mol) .writeTo ("~ / caffeine.png");}}  

Das Ergebnis ist hier

zu sehen


Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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