Open Babel kann alle Arten von Eingaben in Bilder mit 2D-Strukturen konvertieren.

PubChem bietet eine Möglichkeit, die 2D-Struktur eines Moleküls zu ermitteln, wenn Sie SMILES eingeben.

Warum sollten Sie sich jedoch mit 2D zufrieden geben, wenn Sie genauso 3D-Strukturen erhalten können? leicht?

Als zusätzliche Ergänzung können Sie auch https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=[INSERT-SMILES-HERE‹ überprüfen. Code>. Dieses Werkzeug erzeugt die 3D-Struktur jedes Moleküls, von dem Sie das LÄCHELN erhalten können. Schreiben Sie einfach das LÄCHELN nach dem Gleichen und voila ! Sie haben sich einen netten interaktiven Molekül-Viewer besorgt, den Sie drehen können, um zu sehen, wie er aussieht.

Haftungsausschluss: Ich bin mit keiner der oben genannten Websites verbunden.

Wenn Sie wie oben erwähnt einen kostenlosen Webdienst wünschen, können Sie PubChem verwenden, um eine SMILES-Zeichenfolge in eine 2D-Darstellung zu konvertieren. Dies ist jedoch nur auf die Einträge in PubChem "beschränkt" ...

Eine bessere Option, IMHO, ist der sehr einfach zu verwendende NIH Chemical Resolver

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/ " Strukturkennung " / " Darstellung "

Sie können beispielsweise Folgendes verwenden:

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/aspirin/image:

Wie oben angegeben, kann der "Bezeichner" Namen, maskierte SMILES-Zeichenfolgen usw. sein.

Hinweis: Dreifachbindungen in SMILES-Zeichenfolgen, die durch '#' dargestellt werden, müssen als '% 23' URL-maskiert werden (z. B. muss die SMILES-Zeichenfolge von Ethin als 'C% 23C' anstelle von 'C # C' angegeben werden, wenn sie als Teil einer URL

Es ist keine API, aber JSME (Javascript Molecule Editor) kann verwendet werden, um MOL, SDF oder SMILES in eine 2D-Struktur zu konvertieren.

Eine weitere Option für ein wenig Programmierung ist das Indigo Toolkit mit Python-, Java-, .NET- und C-Bibliotheken.

Das folgende Python-Beispiel verwendet das isomere SMILES für Albuterol, das ich von PubChem erhalten habe, und rendert 2D-Strukturen für drei Formen (eine mit nicht spezifizierter Stereochemie und die beiden Stereoisomere). Die einzelnen Strukturen sind mit ihren jeweiligen PubChem-CIDs gekennzeichnet.

  aus Indigo-Import * aus Indigo.Renderer-Import * Indigo = Indigo () Renderer = IndigoRenderer (Indigo) mols = {'2083': 'CC (C) (C) NCC (C1 = CC (= C (C = C1) O) CO) O', '123600': 'CC (C) (C) NC [C @@ H] (C 1 = CC (= C (C = C 1) O) CO) O ',' 182176 ':' CC (C) (C) NC [C @ H] (C 1 = CC (= C (C = C 1) ) O) CO) O '} array = indigo.createArray () für die Eingabe von mols.keys (): print (Schlüssel, mols [Schlüssel]) mol = indigo.loadMolecule (mols [Schlüssel]) s = "CID =" + key mol.setProperty ("grid-comment", s) array.arrayAdd (mol) indigo.setOption ("render-comment", "Albuterol") indigo.setOption ("render-comment-position", "top") indigo.setOption ("Render-Grid-Ränder", "40, 10") indigo.setOption ("Render-Grid-Titel-Offset", "5") indigo.setOption ("Render-Grid-Titel-Eigenschaft", "grid-comment") indigo.setOption ("Render-Hintergrundfarbe", 1.0, 1.0, 1.0) indigo.setOption ("Render-Atom-Farbeigenschaft", "Farbe") indigo.setOption ("Render-Färbung") ", True) indigo.setOption (" Renderbildgröße ", 1200, 300) renderer.renderGridToFile (Array, Keine, 3, "grid.png")  

Wenn Sie bereit sind, ein wenig Programmieraufwand in diese Sache zu investieren, können Sie sich das Chemistry Development Kit (CDK) ansehen, mit dem ein SMILES-String problemlos in ein 2D-Rendering des konvertiert werden kann Molekül.

Ein Beispiel (aus hier), das die Darstellung als PNG-Bild erzeugt, sieht folgendermaßen aus:

  import org.openscience.cdk .CDKConstants; import org.openscience.cdk.interfaces. *; Import org.openscience.cdk.silent.SilentChemObjectBuilder; import org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser; import java.awt.Color; public class Main {public static void main (String [] args) löst eine Ausnahme aus {IChemObjectBuilder bldr = SilentChemObjectBuilder.getInstance (); SmilesParser smipar = neuer SmilesParser (bldr); IAtomContainer mol = smipar.parseSmiles ("CN1C = NC2 = C1C (= O) N (C (= O) N2C) C"); mol.setProperty (CDKConstants.TITLE, "Koffein"); DepictionGenerator dptgen = neuer DepictionGenerator (); // Größe in px (Raster) oder mm (Vektor) // Anmerkungen sind standardmäßig rot dptgen.withSize (200, 250) .withMolTitle () .withTitleColor (Color.DARK_GRAY); dptgen.depict (mol) .writeTo ("~ / caffeine.png");}}  

Das Ergebnis ist hier