Frage:
Visualisierung von Atomen in einer XYZ-Datei mit Farben, die Teilladungen darstellen
Argon
2018-09-18 03:20:31 UTC
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Ich habe eine Datei mit den Atomkoordinaten (im XYZ-Format) einer Struktur und eine Liste der partiellen Atomladungen für jedes Atom. Ich möchte ein Bild der Struktur erstellen, in der die Farben der Atome den berechneten Ladungen entsprechen. Was sind einige gute Möglichkeiten, dies zu tun?

(Antwort auf einen gelöschten Kommentar). Ich würde mich freuen, wenn es hilft, aber ich sehe keinen Nutzen darin. Die XYZ-Koordinaten sind eine einfache $ n \ times3 $ -Matrix, und die Ladungen werden als $ n \ times1 $ -Vektor gespeichert. Der Dateityp ist irrelevant (ich kann frei in ein beliebiges Format Ihrer Wahl konvertieren - CIF, * CAR, XYZ, JMol usw.).
Neben den folgenden Antworten habe ich einen weiteren Stapelaustausch-Beitrag gefunden, der ziemlich eng miteinander verbunden ist und einige gut diskutierte Optionen für den Erhalt Ihrer Visualisierung enthält: https://chemistry.stackexchange.com/questions/76592/easiest-way-software-to- Visualisieren Sie die Ladungsdichte aus einer XYZ-Datei mit Punkt
Wenn Sie noch nie von IsoDistort gehört haben, können Sie es versuchen. http://stokes.byu.edu/iso/isodistort.php
Fünf antworten:
#1
+8
DSVA
2018-09-18 04:02:17 UTC
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Soweit ich weiß, kann dies keine Software sofort tun, aber mit etwas Arbeit sollte dies möglich sein.

Verwenden Sie CYLview, um eine Povray-Datei zu erstellen, die Atome in die gewünschte Farbe zu ändern und zu rendern es mit Povray. Das Problem hierbei ist, dass die Koordinaten der xyz-Datei und des Povray nicht identisch sind. Aber soweit ich das beurteilen kann, bleibt die Nummerierung gleich. Wenn also das 3. Atom in Ihrem xyz wie folgt lautet:

  N -1,227679000 0,558365000 0,000000000  

würde die 3. Kugel in der Povray-Datei folgendermaßen aussehen:

  Kugel {<-1.9762436, 0.9491377, 0.0000000> 0.2812500 Pigment {Farbe rgbt <0.4,0.4,1.0,0.00>} Finish {F_normal}  

Alles was Sie tun müssen, ist die Farbe hier zu ändern. Es sollte auch ziemlich einfach sein, diesen Farbwechsel mit einigen Codezeilen zu automatisieren.

Sie können also von diesem enter image description here

zu beispielsweise diesem enter image description here

durch einfaches Ändern des oben gezeigten Farbwerts in

  Pigment {color rgbt <0.2,0.8,1.0,0.00>}  
Das ist eine interessante Beispielverbindung, die Sie ausgewählt haben. Persönlich würde ich lieber nirgendwo davon oder von Aziden im Allgemeinen weggehen, außer vielleicht sofort in eine sichere Entfernung. Gehen Sie dabei vorzugsweise sehr vorsichtig vor. Aber dann bin ich eigentlich kein richtiger Chemiker. :) :)
@IlmariKaronen, das war das erste, das ich gefunden habe und das direkt aus unserem letzten Projekt stammt. Es ist eine Rechenmodellverbindung. Für experimentelle Arbeiten verwendeten wir das 2-Azidoethanol und 2-Fluorethylazid. Ersteres ist kein Problem, das andere ist ziemlich knifflig.
#2
+8
vis_kal
2018-09-18 21:21:22 UTC
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Mit der kostenlosen Visualisierungssoftware OVITO (www.ovito.org) ist dies eigentlich sehr einfach. Sie können Atome entsprechend jeder Partikeleigenschaft, die Sie mit Ihrer Struktur importieren, farblich kennzeichnen (wie in Ihrem Fall die Teilladungen).

Importieren Sie einfach Ihre .xyz-Datei, wobei die Teilkosten als zusätzliche Spalte angehängt werden. Während des Dateiimports können Sie angeben, welche Spalte welche Informationen enthält, z. Positionen oder Aufladen. Verwenden Sie dann den Farbcodierungsmodifikator und wählen Sie "Aufladen" als "Eingabeeigenschaft". Hier ist der entsprechende manuelle Eintrag: http://www.ovito.org/manual/particles.modifiers.color_coding.html und ein Beispiel, wie das aussehen würde:

Atoms color coded according to partial charges

Hoffe, das hilft!

#3
+8
Geoff Hutchison
2018-09-19 01:43:42 UTC
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Dies ist in Avogadro v1.x ganz einfach. Für jeden Anzeigetyp können Sie das Farbschema festlegen, z. Über den Einstellungsdialog:

enter image description here

Wählen Sie dann im Einstellungsfenster ein Farbschema aus:

enter image description here

Voila, Sie haben ein Molekül, das durch Teilladungen gefärbt ist:

enter image description here

Wenn die Datei keine Teilladungen enthält, können Sie diese über Ansicht ⇒ Eigenschaften ⇒ Atomeigenschaften festlegen:

enter image description here

#4
+6
Rolf
2018-09-18 04:11:54 UTC
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Haben Sie VMD Link ausprobiert? Es ist kostenlos, aktuell, funktioniert mit Dateien im .xyz-Format und ermöglicht es Ihnen, die Gebühr (oder eine andere Eigenschaft) als farbempfindliches Merkmal festzulegen. Hier ist ein Beispiel für die Bindungskoordination (Anzahl der nächsten Nachbarn) in einem Kristall (obwohl nur die Oberfläche geladen wird, um Speicherplatz zu sparen) enter image description here

#5
+4
pH13 - Yet another Philipp
2018-09-19 14:10:01 UTC
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Ich weiß, dass Sie nach einer xyz-Datei gefragt haben, aber es ist kein Problem, sie in eine mol2-Datei zu konvertieren. Und von da an können Sie dies mit Chimera tun.

Ich nehme das Beispielmolekül aus der verknüpften Frage im Kommentarbereich zu Ihrer Frage. Die entsprechende mol2-Datei würde etwas aussehen wie folgt:

  @ <TRIPOS>MOLECULEbla2.xyz 78 84 0 0 0SMALLGASTEIGER @ <TRIPOS>ATOM 1 N -0.2152 -3.6116 1.0137 N.2 1 UNL1 -0.9804 1 UNL1 -1.159281 3 H -1.0201 -4.5161 -1.2392 H 1 UNL1 0.451727 4 H 0.5924 -3.5332 3.4084 H 1 UNL1 0.466050 5 H 1.1383 -4.0685 -6.6623 H 1 UNL1 0.121348 6 ZN 1.0488 0.3616 1.4618 Zn 1 UNL1 1.085 C.2 1 UNL1 0.885122 8 C 0.4171 1.4943 5.4556 C.ar 1 UNL1 -0.158259 9 C -0.1860 2,7336 5,4577 C.ar 1 UNL1 -0,038223 10 H -0,3201 3,1852 4,6583 H 1 UNL1 0,111225 11 N 3,0298 0,2152 1,0137 N.ar 1 UNL1 -0,989702 12 N 2,9780 0,9072 -1,2690 N.pl3 1 UNL1 -1,323792 13 H 2,12592 H 1 UNL1 0,552920 14 H 3,1082 -0,5924 3,4084 H 1 UNL1 0,599787 15 O 0,6110 1,4120 3,0769 O.3 1 UNL1 -0,805465 16 O 1,3256 -0,3161 4,2420 O.2 1 UNL1 -0,786727 17 C -0,8262 -0,8063 -9,1420 C.2 1 UNL1 0.932072 18 C -0.4171 -1.4943 -7.8689 C.ar 1 UNL1 -0.116686 19 C 0.1860 -2.7336 -7.8668 C.ar 1 UNL1 -0.092391
20 H 0,3201 -3,1852 -8,66663 H 1 UNL1 0,116237 21 O -0,6110 -1,4120 -10,2476 O.co2 1 UNL1 -0,908737 22 O -1,3256 0,3161 -9,0825 O.co2 1 UNL1 -0,838830 23 C -0,4875 -3,0059 -0,1834 C. 3 1 UNL1 1.029873 24 C 0.2178 -2.5742 1.7916 C.cat 1 UNL1 1.084450 25 N -0.2869 -1.7042 -0.1394 N.3 1 UNL1 -0.556339 26 N 0.1740 -1.4213 1.1643 N.pl3 1 UNL1 -0.669532 27 H -1.0626 -3.2357 -1,9987 H 1 UNL1 0,479136 28 N 0,5884 -2,7456 3,0646 Npl3 1 UNL1 -1,219932 29 H 0,8222 -2,0668 3,5390 H 1 UNL1 0,535669 30 ZN -1,0488 -0,3616 -1,4618 Zn 1 UNL1 1,115312 31 C -0,82618 -0,63 .2 1 UNL1 0,930235 32 C -0,4171 -1,4943 -5,4556 C.ar 1 UNL1 -0,165126 33 C 0,1860 -2,7336 -5,4577 C.ar 1 UNL1 -0,068129 34 H 0,3201 -3,1852 -4,6583 H 1 UNL1 0,125910 35 C -3,6355 -0,4875 0,1834 C.ar 1 UNL1 1,112801 36 C -4,0672 0,2178 -2. ar 1 UNL1 1.089920 37 N -4.9372 -0.2869 0.1394 N.ar 1 UNL1 -0.669012 38 N -5.2201 0.1740 -1.1643 N.ar 1 UNL1 -0.683650 39 N -3.0298 -0.2152 -1.0137 N.ar 1 UNL1 -1.010564 40 N - 2,9780 -0,9072 1,2690 Npl3 1 UNL1 -1,379275 41 H -3,4057 -1,0626 1,9987 H 1 UNL1 0,465316 42 H -2,1252 -1,0201 1,2392 H 1 UNL1 0,591458 43 N -3,8958 0,5884 -3,0646 Npl3 1 UNL1 -1,38 4,5746 0,8222-3,5390 H 1 UNL1 0,462374
45 H -3.1082 0.5924 -3.4084 H 1 UNL1 0.595021 46 O -0.6110 -1.4120 -3.0769 O.3 1 UNL1 -0.846291 47 O -1.3256 0.3161 -4.2420 O.2 1 UNL1 -0.789904 48 C 0.4875 3.0059 0.1834 C.3 1 UNL1 1.054807 49 C -0.2178 2.5742 -1.7916 C.cat 1 UNL1 1.079690 50 N 0.2869 1.7042 0.1394 N.3 1 UNL1 -0.596520 51 N -0.1740 1.4213 -1.1643 N.pl3 1 UNL1 -0.651619 52 N 0.2152 3.6116 -1.0137 N.2 1 UNL1 -0.982105 53 N 0.9072 3.6634 1.2690 N.3 1 UNL1 -1.153898 54 H 1.0626 3.2357 1.9987 H 1 UNL1 0.472248 55 H 1.0201 4.5161 1.2392 H 1 UNL1 0.448303 56 N -0.5884 2.7456 -3.0646 N.pl3 1 UNL1 -19 0,8222 2,0668-3,5390 H 1 UNL1 0.511494 58 H -0.5924 3.5332 -3.4084 H 1 UNL1 0.458606 59 C 0.5990 -3.3114 -6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.253677 60 C -0.7385 -0.8939 -6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.060650 61 H -1.1769 -0.0744 -6.66 H 1 UNL1 0,135692 62 C 0,8262 0,8063 9,1420 C, 2 UNL1 0,921571 63 C 0,4171 1,4943 7,8869 C.ar 1 UNL1 -0,136263 64 C -0,1860 2,7336 7,8688 C.ar 1 UNL1 -0,033469 65 H -0,3201 3,1852 8,61 H 1 66 O 0,6110 1,4120 10,2477 O.co2 1 UNL1 -0,900753 67 O 1,3256 -0,3161 9,0825 O.co2 1 UNL1 -0,836472 68 C -0,5990 3,3114 6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,299314 69 H -1,1383 4,0685 6,6623 H 1 UNL1 0,1360
70 C 0,7385 0,8939 6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,048643 71 H 1,1769 0,0744 6,6623 H 1 UNL1 0,130420 72 C 3,6355 0,4875 -0,1834 C.ar 1 UNL1 1,071205 73 C 4,0672 -0,2178 1,7916 C.ar 1 UNL1 1,085316 74 N 4,9372 0,28 0,1394 N.ar 1 UNL1 -0,660949 75 N 5,2201 -0,1740 1,1643 N.ar 1 UNL1 -0,672967 76 H 3,4057 1,0626 -1,9987 H 1 UNL1 0,459743 77 N 3,8958 -0,5884 3,0646 N.pl3 1 UNL1 -1,356568 78 H 4,5746 -0,8222 H 1 UNL1 [email protected]<TRIPOS>BOND 1 21 17 ar 2 17 22 ar 3 17 18 1 4 20 19 1 5 18 19 ar 6 18 60 ar 7 19 59 ar 8 5 59 1 9 61 60 1 10 60 32 ar 11 59 33 ar 12 33 32 ar 13 33 34 1 14 32 31 1 15 47 31 2 16 31 46 1 17 57 56 1 18 44 43 1 19 45 43 1 20 58 56 1 21 56 49 1 22 43 36 1 23 76 12 1 24 27 2 1 25 49 51 1 26 49 52 2 27 36 38 ar 28 36 39 ar 29 2 3 1 30 2 23 1 31 12 13 1 32 12 72 1 33 38 37 ar 34 51 50 1 35 39 35 ar 36 52 48 1 37 72 74 ar 38 72 11 ar 39 23 25 1 40 23 1 1 41 74 75 ar 42 25 26 1 43 50 48 1 44 37 35 ar 45 35 40 1 46 48 53 1 47 11 73 ar 48 1 24 2 49 26 24 1 50 75 73 ar 51 42 40 1 52 55 53 1 53 53 54 1 54 40 41 1
55 24 28 1 56 73 77 1 57 28 4 1 58 28 29 1 59 77 14 1 60 77 78 1 61 15 7 1 62 7 16 2 63 7 8 1 64 10 9 1 65 8 9 ar 66 8 70 ar 67 9 68 ar 68 68 69 1 69 68 64 ar 70 70 71 1 71 70 63 ar 72 64 63 ar 73 64 65 1 74 63 62 1 75 67 62 ar 76 62 66 ar  

We Öffnen Sie es mit Chimäre und wählen Sie dann Tools > Darstellung > Nach Attribut rendern , wählen Sie das Attribut als Gebühr aus und klicken Sie auf Übernehmen . Dies führt zu einer Struktur, die durch ihre Teilladungen gefärbt ist.

partial charge colored molecular structure by chimera



Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 4.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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